חקר מערות דורש כללי זהירות וציוד מיוחד שאין בטיולי טבע רגילים. זכרו – אין אפשרות להתקשר לעזרה מחוץ למערה, אתם חייבים להסתמך רק על עצמכם. אז לא להכנס לבד למערות בשום מצב, להשאיר אנשים בחוץ או לפחות הודעה בבית היכן אתם במדויק, להביא פנסים ובטריות בכמות כפולה מהמתוכנן, מים ואוכל, חבלים וציוד טיפוס למערות מסוימות וכו'.
אין להיכנס למערות ללא ליווי אדם המכיר את המערה. יש להצטייד בפנסים ולא בנרות, המזהמים את המערה בפיח ובשעווה. במערות גדולות כמו מערת עלמה, מערת חריטון ומערות הר סדום, יש להצטייד בסוללות רזרביות ולוודא את תקינותן לפני הכניסה למערה.
פירוק החומרים במערות איטי, ויש להקפיד לא להשאיר פסולת במערה (ודאי שלא פסולת אורגנית). מערות מסויימות נגועות במחלת "קדחת המערות", ואפילו מערות הסמוכות לשבילים מסומנים – יש להימנע מכניסה למערה הידועה כנגועה במחלה.
יש להיזהר מבורות חבויים או מתקרות נמוכות. אין להכנס למערות המסומנות לחשש ממפולת. יש להשאיר לפחות אדם אחד מחוץ למערה שיכול לקרוא לעזרה במקרה צורך. באזורים בטחוניים יש להשאיר שומר או כמה עם נשק, כבר היו מקרים ש…
חובה ביגוד מתאים המכסה כמה שיותר מהגוף ונעליים סגורות לא מחליקות. רצוי מאוד קסדת ראש עם פנס. על פי הצורך חבל ו/או ציוד טיפוס.
במערות מסוימות יש לינת חורף של עטלפי חרקים – יונקים נדירים, מוגנים ולא מזיקים. אין להיכנס למערות אלו בחודשים אוקטובר – מרץ. מערות אלו כוללות את מערת שרך, מערת נמר, מערת עלמה, הוטה 6, מערת ברניקי, מערת אורנית בכרמל ומערת התאומים בשפלת יהודה.
במערות מבוך כמו מערת חריטון חובה להיכנס רק עם מדריך מקצועי ורצוי לסמן את הדרך חזרה כדי שלא תלכו לאיבוד.