מתחם המערות שוכן מדרום מערב למתחם הגדול. מתחם זה נחפר על ידי בנימין מזר בשנות ה-30 של המאה ה-20 והיה ראשון שנחפר באתר. במשך עשרות שנים היה המתחם סגור למבקרים, והוא נפתח לאחר הכשרת השטח בשנת 2009. במתחם שש מערות קבורה מימי המשנה והתלמוד במרכז גן לאומי מטופח – הכניסה בתשלום. במערות שוכן בית הקברות … המשך לקרוא מערות בית שערים